Ich hatte ähnliche probleme, z.b. hat die kamera die sd karte nicht mehr erkannt.
Versuch mal ein filesystem check und guck was er sagt. Wenn du dein handy an den rechner hängst umountest du sauber ? Oder sprichst du kopier vorgänge mittendrin ab ?
Für dich wäre Cupcake dann vielleicht auch interessant weil das afaik vor jedem mount nen fsck ausführt. Damit lief das bei mir bis "jetzt" bei mir problemlos