Normalerweise reichen IDv2 Tags komplett aus. Ich hatte aber mal ein ähnliches Problem, was durch das Löschen und neu hinzufügen des Covertag (Coverbild innerhalb der Datei) gelöst wurde. Verwendet habe ich dafür MP3tag - was ich jedem sowieso empfehlen kann:

Mp3tag - der universelle Tag Editor (ID3v2, MP4, OGG, FLAC, ...)

Grund bei mir war, dass das Coverart ein komisches Dateiformat war und dieses wohl eine Rolle bei der Implementierung in die MP3 spielt. Dies war reproduzierbar. Sowie ich ein Coverart aus einer anderen Quelle verwendete, war alles Zucker