Du kannst das Menü leider nicht selbst anpassen, nur den Desktop kannst du ändern. Zum Hinzufügen von Gruppen zum Menü gibt es wohl 1-2 Apps, aber die sollen auch nicht optimal sein glaube ich (bzw. die eine die ich mal probiert hatte, machte das automatisch und somit miserabel).
Im Menü sind immer alle Programme vorhanden, bis du sie unter Einstellungen-->"Anwendungen und Applikationen" (o.ä.) oder im Market unter "Meine Downloads" deinstallierst. Dann sind sie aber natürlich ganz vom Gerät weg, eventuell hast Du noch eine "tote" Verknüpfung in einem Ordner oder auf dem Desktop liegen, wenn Du vorher eine angelegt hattest.

Sinnvoll ist es also bei einer großen Menge an Apps eher, die Programme nach der Installation direkt aus dem Menü in diverse strukturierte Ordner zu ziehen und das Menü unbenutzt und voll rumliegen zu lassen. Auch ist es aus Performancegründen (Akku...) sowieso nicht schlecht, die installierten Programme in Grenzen zu halten und nicht benutzte wieder zu deinstallieren (*brr*, ich müsste auch mal meine >100 Programme ausmisten bzw. gleich neu aufsetzen...)

Ordner umbenennen kannst Du übrigens, indem du lange auf die Titelleiste des Ordners drückst