Das Problem kommt wohl vereinzelt vor...
Nach Installation doppelte Icons im Menue
Ich hatte ein ähnliches Problem (Deinstallierte Apps blieben im Menü, neu installierte teils auch doppelt und nicht mehr alphabetisch sortiert). Allerdings hatte sich das bei mir mit einem normalen
Reboot erledigt.
Hast Du einen modifizierten Launcher installiert?