Die ext-Partition siehst du am PC doch gar nicht und nein, du musst nur die Verzeichnisse app* und dalvik* auf der ext-Partition löschen. Eine Neupartition ist nicht notwendig, allerdings ist ein "Repair ext-Filesystem" angeraten.

Du magst es gerne umständlich, oder?

Warum nicht einfach USB-Kabel anschliessen und die benötigten Daten direkt draufladen?