Im grunde wird ALLES gelöscht, da die gesamte Software überschrieben wird. NIcht nur die /data Partition, auf der sms, einstellungen, etc gespeichert sind, sondern auch jegliche System dateien, Boot-dateien, und so weiter.
Wenn du eine ganz andere Rom flasht, musst (bzw es empfielt sich SEHR, weil es sonst zu Bugs kommen könnte) du ein Full-Wipe machen. Das ist per Recovery ein Formatieren der data partition, Cache partition, sowie der system partition.
Wenn du nur ein Upgrade machst, braucsht du das nicht. z.B. von Omega V42 auf Omega V43.
Aber Achtung: Wenn sich die Base, bzw die Android version ändert, musst du ebenfalls ein Fullwipe machen.
Beispielsweise von Omega V43 (4.1.2) auf Omega V44 (4.2.1 beta firmware). Dort ein flashen ohne Fullwipe hat bei mir in einer Boot-schleife geendet^^
Da hilft nur Akku raus->rein, in die Recovery, Full wipe und eine Rom neu flashen, oder das Clockworkmod Backup wieder aufspielen.
Generell, wenn du dich mit der Materia nicht fast blind auskennt, und genau weißt, was passiert wenn du dies und das tust, solltest du vor JEDEM Flashen ein Backup durchlaufen lassen, falls was passiert.
Diese Einstellung von Google, ein post über mir, funktioniert aber leider nicht immer. Musste schon mehrfach alle Apps von hand über titanium Backup installieren.
Manchmal klappt es, dann werden alle apps geladen, und ich muss nur alle App-daten aus Titaniumn Backup wieder herstellen.
Für SMS Backup empfehle ich "SMS Backup & Restore"