Nochmal zur Größe der Zuordnungseinheiten:
FAT32 verwendet 28Bits für die Adressen der Zuordnungseinheiten, also kann es maximal 2^28 Adressen und somit auch Zuordnungseinheiten geben.
Wenn eine Zuordungseinheit 32KB groß ist, macht das insgesamt 2^28*32KB=8TB. Das ist die maximal denkbare Größe einer FAT32-Partition. Wählt man die Größe der Zuordnungseinheiten kleiner, kann auch weniger Speicher adressiert werden. Für 16GB würden rein rechnerich 64B große Zuordnungseinheiten reichen.
Wenn eine Datei gespeichert wird, wird sie in diese Zuordnungseinheiten gepackt, eine 8KB große Datei belegt natürlich zwei 4KB-große Einheiten. Allerdings können nur ganze Einheiten beschrieben werden, darum belegt eine 5KB große Datei auch zwei komplette 4KB-Einheiten und belegt somit 8KB auf dem Speicher. D.h. bei großen Zuordnungseinheiten, z.B. 32KB wird am Ende einer Datei immer etwas Speicher "verschwendet", wenn sich die Dateigröße nicht genau durch 32KB teilen lässt. Auf der anderen Seite dauert es länger eine 4GB große Datei aus vielen kleinen Einheiten zu lesen als aus wenigen großen. (U.a. auch weil die Fragmentierung bei kleinen Einheiten größer ist)
Prinzipiell gilt: wenn man hauptsächlich einige große Dateien speichert, machen große Zuordnungseinheiten mehr Sinn, bei vielen kleinen Dateien wählt man besser auch kleine Zuordnungseinheiten.