Das kommt darauf an, was du genau unter "Branding" verstehst.
Falls du die Geräte-CID meinst: Nein, die wird nicht verändert (und kann beim Desire auch nicht ohne zusätzliche Hardware geändert werden).
Falls du App-Beigaben meinst: Ja, die sind nicht Teil des Custom-ROMs.
Ein Logo, dass beim Einschalten erscheint (Splash-Screen), wird das auch nicht durch Flashen eines Custom-ROMs geändert. Eine Änderung hier ist aber prinzipiell möglich.
EDIT: Aber ich frage nochmal: Wieso JellyBean (CM10) und nicht KitKat (CM11 oder aktuelle Evervolv-ROM)?