Sobald du etwas gravierend an einer Stock 4.3 mit Knox änderst (root, recovery, kernel, rom), wirst du erfasst.
Zum Flashen eines Custom ROMs benötigt es jedoch keine Root Rechte, jedoch hingegen ein Custom Recovery (wie CWM, TWRP oder Philz). Die Root Rechte sind meist in den Custom ROMs inkludiert und werden somit mit installiert. Knox wird's in jedem Fall aber merken und sich Notizen machen...
Beim Full Wipe werden vom Benutzer installierte Apps und deren Daten gelöscht. Das Wiederherstellen der mit Titanium gesicherten Apps und Daten wird allgemein nicht empfohlen, wenn man zwischen ROMs wechselt (die Struktur ist oft eine andere, was dann zB zu Abstürzen, sog. FCs, oder einem Bootloop führen kann).
Auch das alleinige Wiederherstellen der Apps (dh ohne Daten) ist nach meiner Erfahrung nicht immer von Erfolg gekrönt.
Daher evtl andere Lösungen in Betracht ziehen, zB über Google oder andere (Cloud-) Dienste die Daten der Apps sichern / synchronisieren (obwohl ich persönlich davon kein Freund bin).
Edit:
Helium wäre noch eine Idee. Ansonsten noch
klick und
klack.